UNIR iTED colabora con los programas de doctorado en Sociedad del Conocimiento y en Ciencias de la Computación, ambos con una línea sobre tecnología e innovación educativas. Asimismo, en el año 2008, diseñó el Máster en eLearning y Redes Sociales, el más longevo de su especialidad a nivel internacional, con el que colabora intensamente.
De forma complementaria, el instituto participa en programas de doctorado y formación postdoctoral por todo el mundo: la Universidad de Salamanca, el Instituto Tecnológico de Monterrey (México), la Universidad Nacional de Colombia, la Universidad de las Fuerzas Armadas-ESPE (Ecuador), la Universidad Nacional An-Najah de Palestina, la Universidad de Coventry (Reino Unido), la Universidad North-West (Sudáfrica), etc.
Hasta el curso 2019-2020, UNIR iTED ha supervisado seis estudiantes de doctorado de tres universidades.
